益生菌，作为一类关系人体健康的重要细菌，被现代医学领域密切关注，实际上早在20世纪初，就已有许多的医学专家开始对益生菌在疾病治疗的应用上，进行了深入的研究，不过这部分人群主要集中在欧美等发达国家。
因此，国内对益生菌的认知与应用相对是较晚，也就是说，国内的益生菌市场相比较国外市场，有许多可发展的空白处，特别是在益生菌疾病治疗领域，目前国内对其的研究与应用，大部分都只停留在临床试验的阶段，而欧美等发达国家，已将益生菌使用在各样的疾病治疗上，例如过敏性疾病、精神类疾病、消化系统疾病等。
也正因为国内外的信息差造成的市场空白，给益生菌的市场保存了极深待发掘潜力，目前国内的市场规模大约有800亿元，并且市场规模的增长每年都保持在10-15%，预计在2021年益生菌市场将增长至900亿元以上。
现今国内的益生菌市场主要有4块乳制品、药物、保健品、兽用益生菌，其中乳制品、保健品、兽用益生菌的门槛较低，比较容易进行入，但相同的竞争力也较大，而药用益生菌门槛较高，能有资格涉足的企业较少，竞争力也较为轻松。
而在现有的国内益生菌市场中有几个品牌，较有发展潜力例如蒙佩尔兰、合生元、妙语等，这几个品牌所占据的市场各不相同。
蒙佩尔兰
以最高配置的益生菌产品为其定位，如旗下的利敏舒抗过敏益生菌，就具有4.5万亿活菌含量、八层包埋技术、13种复合菌种等极高配比，使其成为目前业内最高端的益生菌产品，掌控着高端益生菌的市场。
合生元
作为早期的益生菌品牌，在长期的发展中，已获得大部分的消费者信任与认知，成许多人成长的回忆，也正是这一点优势使其稳定占据了中端市场，
妙语
属于新兴的益生菌品牌，以极低的单品价格，占据着绝大部分的低端市场，成为许多初用益生菌顾客的首选。
虽然，已有许多的企业入驻了益生菌的市场，但目前，还未有益生菌成为消费者心中的首选品牌，因此对于想要涉足益生菌市场的创业者，还是有很宽的发展空间，但还是要密切关注市场的动态，以最新的市场需求为切入口，及时进入市场才较为容易站稳。